Наибольшие инженерные достижения Института связаны с проектированием и строительством систем естественной очистки. Всего с начала деятельности ИПЭ в стране построено более 6000 объектов такого типа. Это бытовые очистные установки при частных домах, местные очистные установки для школ или небольших жилых массивов, а также очистные сооружения для целых населенных пунктов. Знание технологий водоснабжения и очистки сточных вод, почвоведения, гидроботаники и микробиологии позволяют проектировать различные объекты, которые, помимо основной задачи – очистки сточных вод, выполняют дополнительные функции: регулятивную, природную, социальную, образовательную, эстетическую или ландшафтообразовательную. Системы естественной очистки сточных вод, разработанные ИПЭ, включают: растительные, растительно-прудовые, прудовые и компостные очистные установки, и, с недавних пор, установки с возобновлением воды (гарантирующие, что на выходе мы получаем воду соответствующую качеству питьевой).